O clone copia o projeto e toda a história dele para o seu computador.

Você vai até a estufa e traz uma cópia do jardim inteiro, com todas as fotos que já foram tiradas. A estufa continua lá, intacta.
O comando git clone baixa o repositório remoto: os arquivos de agora e todo o histórico de commits. No seu computador aparece uma pasta pronta para editar, chamada de pasta de trabalho (working tree).
Você não mexe na estufa. Você mexe na sua cópia, com calma, e só depois decide o que compartilhar.
git clone <url-do-repo> jardim # copia o projeto e a história cd jardim # entra na pasta de trabalho
Atenção: Clone se faz uma vez por projeto. Depois, para pegar novidades da equipe, use git pull.