Clone copia el proyecto y toda su historia en tu computadora.

Vas al invernadero y traes una copia de todo el jardín, con todas las fotos que se han tomado. El invernadero sigue allí, intacto.
El comando git clone descarga el repositorio remoto: los archivos actuales y todo el historial de commits. En tu computadora aparece una carpeta lista para editar, llamada carpeta de trabajo (working tree).
No tocas el invernadero. Trabajas en tu copia, con calma, y solo después decides qué compartir.
git clone <url-do-repo> jardin # copia el proyecto y su historia cd jardin # entra en la carpeta de trabajo
Atención: Se hace clone una vez por proyecto. Después, para obtener las novedades del equipo, usa git pull.